Faktycznie to była jedyna opcja, na szczęście automatyczna.
Polecam dwie metody
.1 pakiet Adobe ( to ta droższa metoda) - i zapisanie png po prostu w PS. Plik jest 3x mniejszy. Bardziej hardcorowy jest Fireworks - pozwala zapisać png8bit z kanałem alpha (ale choć to nie to samo co przezroczystość gif'a to zaczynają się trochę strzępić krawędzie).
.2 Prawdopodobnie każdy program typu Gimp zapisze png lepiej niż biblioteki php. A jeśli ktoś chce taki efekt jak z Fireworks - tu jest to opisane
http://www.ethanandjamie.com/blog/81-png8-transparency-without-fireworks Ostatecznie rozmiar udało się zredukować z np: 200 do 9 kb
Podobno produkty tu będą się rzadko zmieniać, przy tej metodzie to dobra wiadomość. Ale można wrzucać nowe pliki z jakimś prefiksem w nazwie, pozwoli to uniknąć nadpisywania tych samych albo żmudnego zaznaczania pojedynczych.